อาชิกางะ โยชิมาซะ เกิดเมื่อค.ศ. 1436 เป็นบุตรชายของโชกุน อะชิกะงะ โยะชิโนะริ (ญี่ปุ่น: 足利 義教 โรมาจิ: Ashikaga Yoshinori) กับมิไดโดะโกะโระ ฮิโนะ ชิเงะโกะ (ญี่ปุ่น: 日野 重子 โรมาจิ: Hino Shigeko) เดิมมีชื่อว่า อะชิกะงะ โยะชิชิเงะ (ญี่ปุ่น: 足利 義成 โรมาจิ: Ashikaga Yoshishige) โยะชิชิเงะมีพี่ชายคือ อะชิกะงะ โยะชิกะซึ (ญี่ปุ่น: 足利 義勝 โรมาจิ: Ashikaga Yoshikatsu) ในค.ศ. 1441 เมื่อโยะชิชิเงะมีอายุห้าปี โชกุนโยะชิโนะริผู้เป็นบิดาถูกเจ้าครองแคว้นที่ชื่อว่า อะกะมะซึ มิซึซุเกะ (ญี่ปุ่น: 赤松 満祐 โรมาจิ: Akamatsu Mitsusuke) ทำการลอบสังหารถึงแก่อสัญกรรม ยะมะนะ โซเซ็ง (ญี่ปุ่น: 山名 宗全 โรมาจิ: Yamana Sōzen) นำทัพเข้าปราบและสังหารอะกะมะซึ มิซึซุเกะ ผู้ดำรงตำแหน่งโชกุนคนต่อมาคือ อะชิกะงะ โยะชิกะซึ พี่ชายของโยะชิชิเงะ แต่โยะชิกะซึอยู่ในตำแหน่งโชกุนได้เพียงสองปี ก็ประสบอุบัติเหตุตกจากม้าถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1443 โดยไม่มีทายาท อะชิกะงะ โยะชิชิเงะ ขณะอายุเพียงเจ็ดปีจึงถูกวางตัวให้เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งโชกุนต่อจากพี่ชาย แต่ทว่าโยะชิชิเงะยังเยาว์วัยเกินกว่าที่จะรับตำแหน่ง ทำให้ตำแหน่งโชกุนว่างลงเป็นเวลาหกปี ในระหว่างนั้นมี ฮะตะเกะยะมะ โมะชิกุนิ (ญี่ปุ่น: 畠山 持国 โรมาจิ: Hatakeyama Mochikuni) ซึ่งดำรงตำแหน่งคังเร (ญี่ปุ่น: 管領 โรมาจิ: Kanrei) เป็นผู้สำเร็จราชการแทน เมื่อโยะชิชิเงะอายุสิบสามปีในค.ศ. 1449 จึงเข้ารับตำแหน่งโชกุนและเปลี่ยนชื่อเป็น อะชิกะงะ โยะชิมะซะ

เนื่องจากโชกุนโยะชิมะซะไม่มีบุตรชาย จึงมอบหมายให้น้องชายของตนคืออะชิกะงะ โยะชิมิ (ญี่ปุ่น: 足利 義視 โรมาจิ: Ashikaga Yoshimi) เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งโชกุนในค.ศ. 1464 โดยที่อะชิกะงะ โยะชิมิ ได้รับการสนับสนุนจากคังเรโฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ (ญี่ปุ่น: 細川 勝元 โรมาจิ: Hosokawa Katsumoto) แต่ทว่า มิไดโดะโกะโระฮิโนะ โทะมิโกะ (ญี่ปุ่น: 日野 富子 โรมาจิ: Hino Tomiko) ได้ให้กำเนิดบุตรชายแก่โชกุนโยะชิมะซะอย่างไม่คาดฝันในค.ศ. 1465 ชื่อว่า อะชิกะงะ โยะชิฮิซะ (ญี่ปุ่น: 足利 義尚 โรมาจิ: Ashikaga Yoshihisa) ทำให้เกิดประเด็นปัญหาการสืบทอดตำแหน่งโชกุน โดยที่ยะมะนะ โซเซ็ง (ญี่ปุ่น: 山名 宗全 โรมาจิ: Yamana Sōzen) พ่อตาและคู่แข่งทางการเมืองของคังเรคะซึโมะโตะได้ใช้โอกาสนี้ให้การสนับสนุนแก่โยะชิฮิซะที่ยังเยาว์วัย จากประเด็นปัญหาการสืบทอดตำแหน่งโชกุนกลายเป็นความขัดแย้งระหว่างซะมุไร ทั้งคังเรคะซึโมะโตะและยะมะนะโซเซ็งต่างซ่องสุมกำลังของตน โดยที่โฮะโวะกะวะตั้งมั่นอยู๋ทางตะวันออกของนครเกียวโต ในขณะที่ยะมะนะตั้งอยู่ทางตะวันตก เรียกว่า สงครามปีโอนิง (ญี่ปุ่น: 応仁の乱 โรมาจิ: Ōnin no Ran) ซึ่งปะทุขึ้นในค.ศ. 1467 เมื่อทัพของทั้งสองฝ่ายเข้าห้ำหั่นกันกลางเมืองเกียวโต สร้างความเสียหายให้แก่วัดวาอารามและศาลเจ้าทั้งหลายในเมืองเกียวโต ในค.ศ. 1473 ทั้งโฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ และยะมะนะ โซเซ็ง ต่างล้มป่วยเสียชีวิต แม้กระนั้นสงครามยังไม่สิ้นสุดลง เนื่องจากโออุชิ มะซะฮิโระ (ญี่ปุ่น: 大内 政弘 โรมาจิ: Ōuchi Masahiro) ยังคงให้การสนับสนุนแก่โยะชิมิ

ในปีค.ศ. 1473โชกุนโยะชิมะซะได้ยกตำแหน่งโชกุนให้แก่บุตรชายของตนคือ อะชิกะงะ โยะชิฮิซะ โชกุนโยะชิมะซะสละตำแหน่งโชกุน กลายเป็นโอโงะโชะ

หลังจากสู้รบยาวนานสิบปี ทำให้ทั้งสองฝ่ายเหนื่อยล้า และโออุชิ มะซะฮิโระเดินทางออกจากเมืองเกียวโตไปในที่สุดเมื่อค.ศ. 1477 สงครามโอนิงที่ดำเนินยืดเยื้อมากว่าสิบปีจึงสิ้นสุดลง

โอโงะโชะโยะชิมะซะสร้างคฤหาสน์ศาลาเงิน (ญี่ปุ่น: 銀閣 โรมาจิ: Ginkaku) ขึ้นในค.ศ. 1482 บนเขาฮิงะชิยะมะทางตะวันออกของนครเกียวโต เพื่อเป็นที่พำนึกในบั้นปลายชีวิตให้แก่ตนเองเฉกเช่นเดียวกับโชกุน อะชิกะงะ โยะชิมิสึ ซึ่งได้สร้างคฤหาสน์ศาลาทอง สมัยของโชกุนโยะชิมะซะเป็นสมัยแห่งความรุ่งเรืองทางศิลปวัฒนธรรมอีกสมัยหนึ่ง เรียกว่า สมัยวัฒนธรรมฮิงะชิยะมะ (ญี่ปุ่น: 東山文化 โรมาจิ: Higashiyama-bunka) ชนชั้นซะมุไรยังคงรับวัฒนธรรมจากจีนราชวงศ์หมิงอย่างต่อเนื่อง นำไปสู่การพัฒนาศิลปะด้านการจัดสวน การจัดดอกไม้ ละครโนะ และจิตรกรรมหมึก 

หลังจากสงครามปีโอนิง รัฐบาลโชกุนฯตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของคังเรและตระกูลโฮะโซะกะวะ หลังจากที่โฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ เสียชีวิต โฮะโซะกะวะ มะซะโมะโตะ (ญี่ปุ่น: 細川 政元 โรมาจิ: Hosokawa Masamoto) บุตรชายของคะซึโมะโตะ ขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นคังเรและสืบทอดอำนาจต่อจากบิดา โชกุนโยะชิฮิซะถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1487 โดยปราศจากทายาท โอโงะโชะโยะชิมะซะจึงฟื้นฟูความสัมพันธ์กับโยะชิมิผู้เป็นน้องชาย และให้บุตรชายของโยะชิมิคือ อะชิกะงะ โยะชิตะเนะ (ญี่ปุ่น: 足利 義稙 โรมาจิ: Ashikaga Yoshitane) เป็นทายาทสืบทอดตำแหน่งโชกุน โอโงะโชะโยะชิมะซะถึงแก่อสัญกรรมเมื่อค.ศ. 1490 โยะชิตะเนะจึงขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนต่อมา